Harvest Moon DS Cute é o mesmo jogo que Harvest Moon DS, jogado com uma menina como protagonista, entretanto. Os jogadores podem escolher entre Jill, do jogo Harvest Moon: Another Wonderful Life(de GameCube) ou Clair, do jogo Harvest Moon: More Friends of Mineral Town(para Game Boy Advance). Comparado com o título anterior, a maioria dos bugs foram removidos.
Uma adição é o sistema de Melhor Amiga, que permite que o jogador escolha uma uma das quatro meninas mágicas e se torne sua Melhor Amiga com os mesmos passos que se usa para casar em Harvest Moon DS. Ao invés de cerimônia de casamento, as duas se reunem na praia para a cerimônia de Melhores Amigas. Posterirormente a menina irá se mudar para a sua fazenda; mais tarde, a Deusa da Colheita irá trazer uma crinça ao acaso, que poderia ter tido com qualquer dos cinco solteiros. Esse recurso não está disponível na versão americana e européia, pois os editores ficaram com medo da indicação ao lesbianismo.